Nanopore测序可得1Mb的超长读长？！

依据当前高通量测序技术发展，虽说现在仅花费几小时就可以组装出细菌基因组的完成图，但是你是否打开脑洞的想过，我们是否可以不组装，只需要1条read就可得到细菌基因组的全部信息？现在，Nanopore纳米孔测序的超长读长给了脑洞成为现实的可能。

当然，目前一条read就可测得一株细菌基因组信息的脑洞还没法立刻成为现实，但已有研究者通过优化样本提取、建库和上机条件后，可通过nanopore测序数据中的一条read覆盖全基因组序列的1/6。

优化流程

对过夜培养的E. coli K-12 MG1655 经Sambrook protocol提取，得到高分子量DNA（>60Kb），OD260/OD280 =2.0

通过前期测试经验，将建库起始量调整至20ug

最后，文库加载到1个标准的FLO-MIN106 flowcell (R9.4) 上机测序。

下机数据

最后下机总数据量为5,014,576,373bp，共150,604 条read，read N50为63,747bp，平均read长度为33,296bp。其中，前面最长的10条read分别为1,113,805bp， 916,705bp， 790,987bp， 778,219bp， 771,232bp， 671,130bp， 646,480bp， 629,747bp， 614,903bp， 603,565bp。

Figure 1E. coli K-12 MG1655下机数据读长分布

数据比对

经GraphMap工具将数据集比对到参考基因组，其中95.46%的序列可比对到参考基因组上，平均比对读长高达34.7Kb。

前面最长的10条比对读长分别为778,217bp， 771,227bp，671,129bp，646,399bp，603,564 bp，559,415bp，553,029bp，494,330bp，487,836bp，470,664bp，从理论上来说，7条最长的reads就可对4.6Mb大肠杆菌基因组进行覆盖。

Figure 2E. coli K-12 MG1655数据比对后读长分布

Nanopore测序技术中无PCR，无DNA合成，最终得到read长度很大一部分取决于文库模板DNA长度和质量，因此对DNA总量、纯度、完整性要求严格。

参考文献

Loman, N. J. Thar she blows! Ultra long read method for nanoporesequencing accessed 2017-05-08.