2019年已经成为过去式,希望组在过去的一年里成绩斐然,收获满满。下面就让组学君带你回顾2019年希望组的大事件吧!

战略布局篇

2019年希望组集团继续聚焦三代测序在“精准医疗诊断”和“农业科技服务”应用的两大战略方向,加强对外合作与战略布局。

3月,未来组(希望组旗下专注科研服务的子公司)与中国农业大学植物保护学院共同组建昆虫基因组学联合实验室,双方将依托联合实验室平台,优势互补,实现人才培养、技术培训以及科研成果转化等目标,在公平公正、互利共赢的基础上,促进第三代测序相关研究成果的快速转化和应用,推动基于三代测序技术的昆虫多组学发展。

4月,希望组与Oxford Nanopore建立战略合作联盟,共同构建大规模Nanopore测序平台,在2019年基于PromethION测序设备对2万个人类基因组进行测序,并于2020年底实现5万个基因组,2021年底完成总共10万人的目标。项目所获得的数据将被用于建立世界首个,且最大的长读长人类基因组结构变异数据库—dbSV。该数据库将为挖掘基因组结构变异对人类疾病影响提供可行的机遇,以期最终提供临床基因诊断服务。

“中国农业大学-武汉未来组昆虫基因组学联合实验室”正式成立

三年10万人全基因组测序!北京希望组与Oxford Nanopore建立战略联盟,共同构建大规模纳米孔测序平台


平台升级篇

希望组作为三代测序行业的开拓者和领军企业,2019年继续引领行业潮流,前瞻性的引进了目前产能最高的三代测序仪Oxford Nanopore PromethION 48,以及全面升级的Bionano Saphyr Gen2光学图谱平台。

2019年5月17日,全球首台商业化的Nanopore PromethION 48测序仪顺利抵达希望组武汉测序中心,最新的P48测序仪流动槽升级为48个,使得短时间内能产生TB级别的长读长数据。希望组实测经过96小时测序,45张芯片同时运行,PromethION 48总计产生了4.8Tb的Nanopore长读长测序数据。测序通量堪比二代测序仪的PromethION 48将会为动植物基因组、分子育种、基因组医学、基因组大数据等领域带来新的机遇和重大变革。

2019年10月12日在希望组技术人员和Bionano Genomics工程师的通力合作下,全球首批的2台Bionano Saphyr Gen2平台正式入驻希望组武汉测序中心。Bionano Saphyr Gen2是最新一代光学图谱平台,采用Saphyr Chip G2.3纳米微流控芯片,每张芯片可获得高达3900Gbp(3.9Tb)的数据,相比上一代Saphyr平台总数据量提升了4倍!Bionano数据通量提升至Tb级别极大拓展了其应用范围,在动植物基因组研究领域完美适配大型基因组,在医学研究中可用于人类面肩肱型肌营养不良症(FSHD)的诊断。

  • 里程碑 | 全球首台商业化Nanopore P48测序仪入驻武汉未来组           希望组Bionano平台隆重升级,全球首批Saphyr Gen2开启预售!

产品研发篇

在过去的2019年,希望组继续加码第三代测序技术研发投入,突破瓶颈,在基因组、转录组、微生物测序等各业务线齐头并进,陆续推出多款核心产品。

实验研发方面,纳米孔超长测序reads N50突破100Kb,某单子叶植物超长测序数据产出超过1200Gb,平均读长N50达51.9Kb,标志着希望组ONT Ultra-long测序已经能够稳定产出高质量的超长片段!同时,低起始量建库、直接RNA测序等重要实验技术也取得突破性进展。

生信算法方面,希望组自主三代组装软件NextDenovo最新版本于2019年10月18日面向全球学术开源。NextDenovo不但解决了现有三代测序数据组装工具资源占用大、运行时间长、组装质量不稳定的瓶颈,还实现了单Contig一条染色体和超大型基因组组装的突破,为利用三代数据组装基因组扫清了组装算法的障碍!

凭借ONT PromethlON48平台+超长读长+自主算法的综合优势,希望组推出超大型基因组de novo、三代群体基因组重测序、ONT全长转录组、ONT直接RNA测序以及ONT宏基因组等新产品,为客户提供更多选择。

ONT P48+Ultra-long+自主算法——未来组超大型基因组组装服务隆重升级

Nextomics 硬核:ONT超长单Cell Reads N50突破100Kb!基因组测序“5G”时代来临!

转录组研究新利器:ONT直接RNA测序,碱基修饰、转录异构体一网打尽!

成果收获篇

2019年希望组合作项目成果丰硕,5分以上研究论文21篇,10分以上高水平文章11篇,涵盖动植物基因组、转录组、微生物基因组、表观遗传学以及遗传病研究等多个领域!

4月,希望组与中国农业科学院果树研究所共同公布了高质量苹果基因组图谱,为探讨红色果实着色的分子机制提供了重要见解,相关成果发表在Nature Communications杂志。

5月,希望组与福建农林科技大学等单位,在Nature Genetics杂志发表四倍体花生栽培种的染色体级别高质量的参考基因组,为花生的基因组结构、生物学特征、多倍体进化及作物驯化提供了新的见解。

6月,希望组与费城儿童医院、中山大学中山眼科中心合作项目文章发表在Nature Communications杂志,建立了识别Nanopore表观修饰的深度循环神经网络模型,并开发了相应的软件DeepMod。

未来组又一篇Nature Communications || 高质量苹果基因组撩动你心

未来组合作文章再登Nature Genetics||四倍体栽培种花生基因组揭示豆科核型,多倍体进化及作物驯化的秘密

项目文章||高质量中国恒河猴参考基因组解析猿类特异性结构变异


企业篇

2019年希望组武汉测序中心按照GBT 19001-2016-001《质量管理体系 要求》建立并运行质量管理体系,于12月27日顺利通过SGS专家的现场评审,获得了ISO 9001 质量管理认证证书。这标志着希望组在公司管理、生产及服务全过程质量管理体系运行良好,能有效降低风险并持续稳定地向顾客提供预期和满意的服务!

2019年12月13日中国食品药品检定研究院发布的“注册检验用体外诊断试剂国家标准品和参考品目录(第七期)”,其中新增了“长读长测序平台结构变异检测单体型国家参考品”,该参考品可对长读长及模拟长读长测序检测结构变异准确率、特异性、重复性等性能进行评价,有望成为长读长测序平台结构变异检测数据质量的“试金石”。希望组作为协作单位之一参加了此次政府合作项目。

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回顾过去是为了更好地面向将来,“科学的边界、技术的极限、人文的关怀、伦理的底限”一直是给予我们动力、引导我们方向的价值观,希望组从未停止创新的步伐,也从未放缓探索的脚步,新的一年我们将为更多的研究合作伙伴提供完善的基因测序分析服务!


2019,
满载荣誉,已成过去;
2020,
希望在握,未来已来!