由于受群落中大量微生物物种内和物种间重复序列双重因素的影响，宏基因组的组装比普通动植物基因组的组装难度更大，因此基于二代测序技术的宏基因组测序因读长短、不能跨越重复序列、高GC含量序列等，无法真正揭示菌群的复杂情况。

虽然宏基因组相关研究的文章非常多，已经验证了很多疾病均与肠道微生物有关。但是大部分研究的结论都只是相关性，即某种菌可能跟某种疾病有关，也有可能跟另外一种疾病有关，无法得到准确的单体型、完整的质粒，也无法完全区别菌株内部的差异性。希望组重磅推出基于Nanopore测序的宏基因组研究，突破二代测序技术瓶颈，以期真正找到某种菌里面的某一个质粒或某种菌里面的某些特定基因，或者某种菌里面的某一些变异结构导致的某种疾病。