高端对话,共创价值 | 希望组CEO汪德鹏一行应邀到访牛津纳米孔公司总部
除此之外,汪德鹏一行来到ONT正在建设的工厂进行实地参观,研究silicon-based flow cell的原理和构造,以及ONT目前正在研发产品的进展等。
除此之外,汪德鹏一行来到ONT正在建设的工厂进行实地参观,研究silicon-based flow cell的原理和构造,以及ONT目前正在研发产品的进展等。
2019年4月23日,中国科学院水生生物研究所何舜平研究员受邀作为主讲嘉宾参加未来组举办的大咖论坛。何舜平研究员以《低等脊椎动物基因组多样性与适应性进化——从深渊到高原,从化石记录到3维基因组》为题,分享了其课题组最新的研究进展和学术成果。何舜平研究员精彩的演讲给未来组的小伙伴们带来了一场科学视野和思维方式的洗礼。
本次报告何舜平研究员主要介绍了最新研究成果-狮子鱼适应海斗深渊环境的科学秘密,未来组有幸承担了狮子鱼基因组三代测序工作。何舜平研究员从形态学、分子学和细胞学三个水平介绍了狮子鱼适应深渊恶劣环境的机制,本研究在分类学上厘清了其系统地位,首次在形态上发现了适应深渊的变化,利用三代测序获得的高质量狮子鱼参考基因组,揭示了其深渊适应的遗传基础。何舜平研究员还介绍了对鲤科鱼类、辐鳍鱼类以及青藏高原三种高原鱼类的相关研究成果。未来组的小伙伴们对何舜平研究员的研究表现了极大的兴趣,非常踊跃的参与了讨论与互动环节。
报告结束后,希望组CEO汪德鹏与何舜平研究员共同交流了高完整性和准确度的基因组在生物进化研究中的科学价值和意义。汪德鹏表示,未来组始终会以技术创新和窥探科学的秘密为己任,推动科学的边界向前发展。最后,此次活动在热烈的掌声中圆满结束。
基于第三代测序技术的基因组de novo3.0可以对基因组中的重复序列、端粒以及着丝粒等复杂区域进行测序,显著增加了测序序列的完整性,结合光学图谱及Hi-C技术辅助组装,能够为物种的起源进化、性状特征等研究,提供参考序列级别的基因组。未来组自成立以来专注于第三代测序技术服务,有着丰富的动植物基因组de novo 3.0经验,未来组与何舜平研究员团队合作的关于深渊狮子鱼适应性机制的研究成果,4月15日在线发表于英国自然杂志子刊Nature Ecology & Evolution(自然-生态与进化)。
何舜平研究员简介
何舜平,法国国家自然历史博物馆理学博士,中国科学院水生生物多样性与保护重点实验室主任,鱼类系统发育与生物地理学学科组责任研究员,湖北省暨武汉市动物学会理事长。研究方向为鱼类系统发育、鱼类比较基因组学和鱼类生物地理学,重点开展鲤科鱼类系统发育、辐鳍鱼类多组学水平的研究,青藏高原和深海,两个极端环境鱼类的基因组及其适应进化研究。先后主持和承担欧盟项目,国家自然科学重点基金,国家自然科学青年基金,国家863项目和973专题。并得到美国国家科学基金会有关生命之树项目的资助开展鲤形目系统发育研究。
未来组优势
未来组组装案例
01 Nanopore PromethION下机数据展示
在Oxford Nanopore PromethION平台对某超大型动物基因组进行测序,平均reads 18.3kb,长读长是后续进行更准确基因组组装的前提。
利用未来组自主研发的组装软件NextDenovo,大大提高了组装效率,对通过流式和survey确定为39Gb的超大型动物进行组装,组装出的基因组大小为38.6Gb,Contig N50达到1.6Mb,是迄今为止唯一一个组装的Contig N50达到Mb级别的超大型基因组(>10Gb)。
未来组推荐策略
比起其它的地球生命体,人类对微生物的了解可谓“冰山一角”。宏基因组学作为新型研究工具,可以完整获得环境样本中全部微生物的物种信息和功能基因信息。但是,二代短reads 高通量测序很难有效获得微生物群落各方面的特性。基于单分子实时测序(SMRT)技术的PacBio 平台全面升级以后,序列长度、单cell 产出以及CCS reads 准确度明显提升,使在种甚至亚种水平深入解析物种组成、基因和功能注释、比较基因组分析、进化分析等成为可能,进而从根本上阐明微生物群落在生态系统中发挥作用的机制。未来组紧跟PacBio官方升级脚步,PacBio宏基因组测序项目也迎来了全面升级。
全面升级
系统升级
Sequel 系统软件升级至V6.0,配套试剂升级至V3.0
更长读长,平均读长达到30-40Kb
更高产出,单Cell 产出25-40Gb
更高准确度,CCS reads 准确度达99.999%
指标升级
直观反映群落组成和群落功能
高丰度菌株基因组完成图
DNA 甲基化修饰分析
服务升级
极速服务周期,从样品到标准分析报告仅需4周
研究策略
技术路线
未来组宏基因组数据展示
Chemistry V2.1 vs V3.0
与V2.1 试剂相比,V3.0 试剂下机有效CCS reads、单个cell 产出及高质量CCS 序列数量都明显增加。
NGS vs PacBio
Mock metagenomic sample ——20 株菌,总共基因组大小61,499,437bp
部分分析数据展示
某肠道微生物样本,基于Q20 以上的CCS 序列进行宏基因组组装:
基于有参分Bin 及无参分Bin 分别获得7 个和9 个单菌基因组草图,最高完整度分别高达98.29% 和95.82%。以Bin13 为例,进行DNA 甲基化修饰分析,统计结果如Table 2 所示。
分析图例展示
微生物是世界上存在范围最广泛的生物,从与人类生存息息相关的陆地、空气、水体,到特殊的极寒极热地区,再到工业生产、昆虫肠道、植物根际,以及人类皮肤、肠道等等,尚有许多关于微生物与环境互作的秘密等待人类去探索。未来组应用第三代长读长PacBio测序技术,将为您展示最全面最直观的微观世界全景图。还等什么,抓紧时间联系我们吧!
延伸阅读:
讲真,DNA甲基化多样性还需长读长技术来搞定
武汉未来组基因组测序中心拥有新型Bionano Saphyr平台,已完成Bionano测序分析项目上百个,具有丰富的实际操作经验和超强的数据分析能力。目前基于DLS标记技术,实现了高效率、高质量的数据产出(Figure 1)。
Figure 1未来组某植物Bionano实测数据统计
未来组Bionano DLS辅助基因组组装案例展示
未来组成功在多个基因组组装项目中应用Bionano数据辅助提升基因组组装质量,辅助基因组组装提升能力可达百倍级别。如某植物基因组,辅助组装前contig N50为0.27Mb,以53X的有效覆盖数据辅助组装以后,scaffold N50达到38.9Mb,提高了144倍(Table 1)。
Table 1未来组Bionano DLS辅助组装项目案例
新技术DLS的推出,使得Bionano可以在基因组研究领域中得到更广泛的应用。在基因组结构变异研究方面,DLS标记技术超高的灵敏度和超强分辨率能够更加特异性的揭示基因组真实结构;在基因组图谱研究方面,DLS标记技术帮助研究者更快速、更高效地提高基因组组装的准确性和完整性。Bionano DLS将成为世界各国基因组研究者不可缺少的研究工具,未来组积累的丰富项目经验为您的基因组研究保驾护航。
附:近两年发表的三代+Bionano辅助组装基因组高分文章(“*”为未来组参与合作项目文章)
昨日,
风雨同路,
历经风霜。
未来,
也许千山路遥,
万水舟簸。
且顾今朝,
插上燃烧的双翼,
恣意青春,
让梦想飞扬……
组学君有云:未来可期,万物有时;辛劳不辞,辉煌将至。忙碌了一年的我们,用努力换来了亮眼的业绩,转眼又到了庆丰收、迎新岁的时刻,把酒空山为起舞,又岂非乐事一桩。且看杯箸起落、觥筹交错,小伙伴们或豪情壮语,言笑晏晏,或红装彩袖,待放异彩。江山千里秀,俊杰出少年,一场乐席欢筵正在徐徐卷帘……
——华宴序语
壮志凌霄汉,精神铄鹤骨
诚如我们的Wonder君在未来组GrandViews期刊卷首所言:万物之中,希望最美。2018年的业绩蒸蒸日上、再创新高,给予组学君们极大的鼓舞,也给了大家再接再厉、辉煌永继的信心和动力!正所谓,壮志凌霄汉,创业天地宽。我们2019年要再上层楼,势如破竹——天地之大,只要有希望就有未来,只要有决心就有舞台!
哪怕舞台有近一米之高,我们年过六旬的外籍员工仍然一跃而上,还现场演示俯卧撑、充满激情的演讲——年龄从不是追求梦想的障碍,这是Min S.Park先生给我们亲身示范的道理。
你还有理由退缩,裹足不前吗?
奋斗终身,无怨无悔。组学君还想加一句,立德立言,无问西东
相逐光熠熠,一夜鱼龙舞
美好的开端是精彩的一半
组学君的小宝贝化身点亮夜空的星星萤火,为晚宴注入温馨稚嫩的糖果色,看得见的甜美,萌化人心。组学君们当然磨拳擦掌,一支《二百舞》分外妖娆,一曲《小酒窝》抒尽浪漫,更有《隔壁的泰山》让组学君们见识到平日勤谨的生产小伙伴逗比的谜之侧面。时尚又活力的《Toca Toca》尽显青春本色,琴箫合奏的《沧海一声笑》用仙乐致敬一代大侠金老先生。项目部的才子佳人共唱《恭喜发财》,预祝新的一年红红火火,财运滚滚来!
好个卧虎藏龙,争妍竞艺!
姿彩媚潜虬,脉脉衷肠诉
“嫁给我好吗?”
两个在未来组相识、相知、相爱的年轻人拥抱在一起,在组学君们的见证下迎接幸福的未来——这也是在未来组成就的第五对姻缘。
怡然共携手,天高凭云渡
往后余生,
有你,
才有意义。
第27届国际动植物基因组学大会(Plant & Animal Genome Conference, PAG),于当地时间2019年1月12日-16日在美国加州圣地亚哥市成功举办。作为全世界规模最大的动植物基因组会议,本次大会邀请到了超过3000名动植物领域的科研工作者以及130余家参展商与会,并举办了150余场大会报告与分会场报告。今年的报告主题主要包含了:基因组学及应用(动植物基因组各物种的基因组学及分子育种)、生物信息方法及应用(基因的拼接与注释,染色体挂载等)、比较基因组学、生物大数据及数据库管理(各类Genebank)以及各类测序技术如Oxford Nanopore、PacBio等的应用。本次盛会给未来组带来了行业内最新的科研成果和市场动态,同时,此行组学君也宣传了未来组作为全球三代测序探路者的品牌与技术实力,结识了一批三代测序爱好者与新朋友,收获满满。
本次会议的主题报告精彩纷呈。Lumba教授讲述了NGS技术在印度大麻和非洲寄生草的转化研究中的应用。Fang博士分享的通过全基因组测序鉴定决定棉花纤维品质和棉花除草剂耐受基因的相关研究,为棉花抗除草剂育种提供了新的思路。中国农业科学院农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程首席科学家黎志康博士则分享了他对经过驯化和现代育种的亚洲水稻进行种群和遗传结构塑造的相关研究。程博士讲解了大数据在农业和植物医学研究下的种系基因组学中的运用。新的研究思路和应用让参会者们耳目一新。
此次会议,未来组的五位小伙伴在626号booth接待了来自世界各地的科学家与长读长测序的爱好者。大家纷纷表示出对Oxford Nanopore PromethION和PacBio Sequel升级版的测序表现的期待与兴趣,与此同时,来访者还与组学君深入交流了未来组在基于长读长测序的基因组组装纠错算法、染色体挂载、大型复杂基因组等领域的技术实力和经验,为后续的交流合作打下良好的基础。
与会者与未来组同事交谈
痛点一 害怕镜头,恐惧演讲,过分夸大宣传 代表人物:罗永浩
语不惊人死不休的锤子哥老罗其实有严重的演讲恐惧症,让人很难想象出身新东方最走红的老师,先后开办牛博网和英语培训学校的他在纪录片拍摄的时候只能接受一种叫“电兔子”的东西对自己的凝视,导演组得远离视线,不得不面对面的时候也需要四周一片漆黑,只有光打在他身上。
电影一开始就是他准备演讲的镜头,摄像机都怕,面对数千人的产品发布会,真不知道他是怎么熬过来的。也许就像他自己说的:这是命。我倒觉得这是老罗自己选择的命,记得他说,自己从小就对科技感兴趣,从收音机到电视到随身听,能听到别人听不到的音乐,内心会满溢出一种幸福感。
纪录片毫不隐讳的告诉观众,老罗“十年革命”的豪言壮语背后是媒体的恶评如潮,过度吹捧也许是引发不满的主要原因。于是,一个台上满嘴跑火车、台下焦虑得甚至想过自杀的老罗跃然屏上。
徐小平语录:创业犹如一个飞行员,在一边飞的过程中一边要给自己设计图纸,让自己制造新飞机,你还要把它组装起来,而且弄不好,你真有可能新飞机还没装好,老飞机已经坠毁了。当遇到这个问题能不焦虑吗?但是不要忘记,这个时代的偶像英雄以及最风光的人是谁?还是创业者。
一将功成万骨枯,我们这里不论功过成败,从这一段满腹愁肠的老罗生活剪影中可以看到:创业到底有多艰难。没点心理承受能力,还是老老实实给人打工吧,不是每个人都可以成为偶像英雄,身体才是第一位的,您说呢?
痛点二 速度至上,疯狂扩张,忽视问题核心 代表人物:戴威
还记得ofo创始人戴威2015年的那篇文章么?《这2000名北大人要干一票大的!》里面说道:一百多年来,有很多北大人改变了北大,也改变了世界,这一次,该轮到你了。
26岁身价过百亿,登上福布斯中国“30位30岁以下精英”的榜单。这可能是很多人一辈子难以爬上的巅峰。然而登高必跌重,这句话尤其适用于这位要将世界每一个角落塞满小黄车的野心boy。
片里的年轻人豪言壮志:最重要的是速度,速度决定一切!然而狂热的背后是频发的车辆事故,刹车问题占47.8%,车把问题占14.2%,脚蹬问题占11.7%。这说明了什么?小黄车本身的质量是有问题的!质量影响体验,相信每个用户都有过这样的经历:扫码开车,发现车坏了骑不了,钱照扣。
别忘了,物联网时代的核心是什么?是用户体验。戴威心里明镜儿似的:产品决定公司生死。
可是当他明白这一点的时候,ofo已经由于市场过速扩张,成本高企,造成资金告急。半年多没有大额资金注入,来自阿里巴巴的十亿美元融资迟迟不能敲定,公司陷入了生死困局。
张颖语录:三年以上,93%的创业公司都会失败,只有7%的公司能够生存下来,那更不用说生存下来之后再做大做强,确实不容易。如何挤进这7%?我想每一位创业者都应该权衡扩张速度和产品优化两者的关系。
古人有云欲速则不达,狂热必须要和市场规律相结合。在小黄车崛起之前已经失败五次的戴威,相信这一次失败带来的领悟是最深刻的。希望这个年轻人东山再起,毕竟1000多万用户还在等待退押金呐。
痛点三 概念先行,创意欠奉,盲目迎合市场 代表人物:安传东
张颖:做哪方面?
安传东:美食短视频,帮助商家进行美食推广,另外联合企业端的客户。
张颖:收费吗?
安传东:一只片子差不多5000-8000。
张颖:为什么要通过你?
安传东:我们选择的是一些精选的、有餐标要求的餐厅。
张颖:数据呢?
安传东:拓展了17家餐厅,拍了20多个短视频。
张颖:有收入吗?
安传东:有收入,卖一张卡99元。一个月吃四次或者四个商家。
张颖:有什么问题吗?
安传东:不知道您对于这种餐厅共享的概念(有什么看法)?
张颖:我没有理解哪里来的共享呢?你帮我拍一个餐厅的介绍片,三五个菜,也收了我的钱,不代表你能够杠杆很多的B端变成你的客户。没有这个量,餐厅也就把你当作一个拍视频的,拍完就走人,两者之间互动的逻辑完全不成立。
和张颖的对话显得有些没有底气,聪明的安传东也明白话不中听但是一针见血。无言以对的他与之前招呼顾客试吃大餐时的意气风发形成了鲜明的对比,不停的告诉自己张颖否定的不是自己,自己并非一无是处。其实自信的人不需要别人的肯定。
共享概念可能很时尚很抓人眼球,但是没有全面的规划和创意切入点,充其量是邯郸学步。张颖语录:(这是)普遍问题,创业者遐想出来的市场,没有任何的依据,同时也没有花足够的时间将它想清楚,包括自己包括团队的核心竞争力在哪里也没有想的很清楚,莽撞创业。
片尾,心有不甘的传东又站在了“席读”的校招会上,开启了一段新领域的征程,网上说席读已完成800万的Pre-A轮融资,等待这位年轻人的会是什么呢?
不论席读成功与否,我想,跨界美食这个概念可能就此夭折了,但如果他坚持深入下去,琢磨出一个创新概念,在这个吃货遍天下的世界,也许就是爆款。但愿席读让传东找回自己的初心,在挖掘产品的过程中找到乐趣。
创业坎坷,如果没有兴趣做支撑,遇到困难的时候靠什么坚持下去?像傅盛说的,他对机器人感兴趣,看到孩子也开心,自己也开心,挣不挣钱可能不是他最关心的。
无痛楚,不辉煌。
所谓痛点,只是提炼经验教训,想说创业不易,创业者的每一步也走得不容易。我们常常为成功者所激励,他们的创业经历令人钦佩,但事实上,每一个失败的和每一个成功的创业者一样都值得尊敬,世界是因他们的共同努力而改变的!除了上述几位,片中还有那个集美貌与才华于一身的女子papi酱、首任《奇葩说》的“奇葩之王”马薇薇等人谈及了他们的创业理念,摘其一二,与您分享。
如果不是这个时代的话,我肯定不是现在这个样子。我觉得它是我们经历过的、到目前为止最好的时代。——张颖
最后,用尼采的名言作结:
杀不死我的,必使我更加强大。
衷心祝福那些为兴趣和梦想而努力、
为回馈社会和祖国而奋斗的企业家们,
当命运达到燃点的时候,
好好把握住机会——
将生命燃烧出最绚丽的花火,
让辉煌和灿烂照亮这个世界!
全年气候宜人的浪漫海滩,
地中海风格的慵懒村庄,
世界级的公共艺术,
还有棒球、啤酒、嬉皮士
这些让你想到了什么?没错,美国加州圣地亚哥!这座充满迷人风情的太平洋沿岸港市即将于2019年1月12日-16日为第27届国际动植物基因组学大会(Plant & Animal Genome Conference, PAG)迎来世界各地的学术宾客!
沐浴在加州暖煦的海风下,各种肤色欢聚一堂,共襄组学盛世,既能高谈阔论,又可把酒言欢,真是美事一桩。
此次会议在Town & Country Hotel会议中心举行,未来组的小伙伴们在626号展位等您,把脑洞打开,一起为动植物基因组学的研究放飞新思路吧!
PAG会议是国际知名的基因组学盛会,世界各地的专家学者集聚一堂,报告、研讨模式生物、畜禽、水生生物、作物、微生物等各物种领域的基因组学进展,内容涉猎广泛深入,是动植物基因组学领域最高水平的国际会议。由于每年PAG会议都会有一系列新的课题进展和研究方法的发布,它已经成为动植物基因组学领域的学者们最为关注的国际盛会之一。
回首2018,未来组先后与新加坡国立大学、中国农业大学农业生物技术国家重点实验室及国家玉米改良中心等单位合作,在Developmental Cell杂志发表了国内首篇应用三代测序技术完成的拟南芥全基因组甲基化修饰(6mA)的文章,解析6mA在拟南芥中的分布模式和潜在功能,在Nature Genetics上发表了重要玉米品系Mo17的高质量参考基因组。同月,希望组与中山大学中山眼科中心等单位合作,在Molecular Cell杂志发表了首个中国人DNA N6-甲基腺嘌呤(6mA)修饰图谱,揭示了DNA 6mA甲基化修饰在人类基因组中的调控机制。
此次的年度盛会如约而至,未来组又将和世界各地的动植物基因组学者们碰撞出什么样的火花呢?想想有些小激动啊!
经过一年的沉淀,组学君又有哪些闪闪发光的研发动态照亮您的心?来吧,再次诚邀国内外参会学者莅临展位626,组学君迫不及待要分享未来组在动植物基因组学研究中的新成果和新进展啦!
会场详情:https://pag19.mapyourshow.com/7_0/exhview/
会议内容缤彩纷呈,包罗万象,更多详情请访问PAG官网。http://www.intlpag.org/2019/
2019年1月4日,“未来组”遗传与进化前沿交叉论坛第六期将于在昆明动物研究所西南生物多样性实验室1-24-26报告厅举行。报告人:Antonio Torroni、Ornella Semino、Hans-Jürgen Bandelt。论坛详情请戳下图:
该实验室立足于我国西南和东南亚丰富的生物多样性遗传资源,面向战略生物资源的国家需求和世界科技前沿,在遗传资源多样性的演化与保护、基因与基因组的进化、遗传发育与进化三个重点研究方向上打下坚实的基础。
武汉未来组专注三代测序技术的研发与应用多年,拥有PacBio、Oxford Nanopore、MGISEQ、BioNano光学图谱及Hi-C染色体构象捕获等技术平台,同时搭载天河II号、阿里云和华为云等服务器,通过三代测序生物信息学工具和流程的开发,解决了复杂动植物基因组组装、微生物基因组组装、全长转录组分析、人类基因组变异检测等领域的技术瓶颈,合作发表多篇三代测序基因组文章,致力打造世界领先三代测序基因组中心。
本次学术报告由
武汉未来组生物科技有限公司独家冠名赞助!
未来组诚邀您参与!