希望组联合华为云推出的NextDenovo基因组云组装平台上线啦！

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喜大普奔，奔走相告，NextDenovo云组装平台上线啦！

对基因组组装了解的童鞋应该都避不开NextDenovo，NextDenovo软件是专用于基因组三代测序数据组装的软件，不但解决了现有三代测序数据组装工具资源占用大、运行时间长、组装质量不稳定的瓶颈，还实现了单Contig一条染色体和超大型基因组组装的突破，为利用三代数据组装基因组扫清了组装算法的障碍。

如何组装好基因组是三代基因组领域的一个基础问题。目前，受限于组装软件的选取和服务器资源的限制，三代基因组组装大部分依赖于服务公司的服务，而越来越多有一定生信基础的老师和同学们有着自己做组装的需求。因此，希望组联合华为云于近日推出了NextDenovo组装软件云上服务，欢迎各位老师同学选购使用！

操作流程

1.使用入口

NextDenovo云组装平台

网址：http://hanwell.grandomics.com

入口简洁，只需输入账号和密码即可进行云服务。账号密码可通过邮件或者联系希望组当地销售人员注册 Hanwell云账号获取。

2.流程展示
进入我的工作台，目前流程里面有希望组发布的生物信息分析流程。目前有NextDenovo（V 2.3）、Nextpolish和SV &methylation 分析流程。
3.选择流程
进行基因组组装，只需要轻松选择NextDenovo，点击开始分析，即可轻松进入组装流程。
4.调整参数
NextDenovo 自带一个测试数据，可以进行体验。如需要组装自己的测序数据，需要输入华为云obs 上三代基因组数据，input 参数如下所示：

reads(华为云obs 路径)

输出路径（可开通sfs 存储）

其他参数和NextDenovo 官网参数一致，详细参数意义可以参考Github 官方文档（https://github.com/Nextomics/NextDenovo）。

5.状态查看
参数设置完成了，只需一键提交，程序就会自动在华为云上进行运算，整个过程可视化显示，可以在我的结果里面查看运行状态和相关时间等等。 NextDenovo 在计算过程中遇到问题，可联系希望组售后进行技术支持。
6.资源消耗
每个项目对应各自的运行记录，可轻松点击查看项目运行情况，项目完成任务数，每个任务消耗的CPU机时等都被一一记录，消费情况一目了然。

武汉希望组医学实验室升级Sequel II平台，进一步拓展新冠病毒变异监测与精准医学领域的产品开发与应用

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2020年6月22日，武汉希望组医学实验室成功升级Sequel II测序平台，这标志着希望组(GrandOmics)成为了可以提供全平台三代测序的服务提供商（PacBio Sequel II，ONT PromethION 48，Bionano Saphyr ）。希望组将利用所拥有的多平台组合与自主研发的三代测序算法、软件，继续拓展三代测序技术在病毒基因组变异检测、动植物基因组近完成图、遗传性疾病诊断与筛查、肿瘤诊断与筛查等领域的应用，进一步扩大公司在三代基因测序服务领域的优势，为客户提供更全面、更优质的服务。

作为三代测序技术与应用的开拓者，希望组早在2012年就启动了三代测序研发工作，并于2013年3月11日正式成为中国首家三代测序服务公司。2016年率先在国内引进PacBio Sequel测序平台，成为了三代测序在基因组组装领域的推动力量。2017年3月11日，希望组再次引进5台Sequel平台，一举成为当时全球最大PacBio数据生产中心之一。
希望组本次升级最新的Sequel II平台，是希望组专注三代测序领域应用拓展的战略延续。PacBio HiFi Reads是目前全世界唯一成熟的兼顾长读长与高准确度测序技术的里程碑式的技术创新，是所有三代测序技术开发者梦寐以求的技术工具，希望组整合该技术平台，必将在动植物基因组近完成图、基因组结构变异检测、遗传性疾病诊断与筛查等领域发挥独特的作用。当前，新冠疫情在全球肆掠，利用兼顾长读长和高准确性的HiFi Reads进行新冠病毒变异监测，将会为科技抗疫谱写崭新的篇章。

Sequel II测序仪及SMRT Cell 8M芯片

奋斗的青春-希望组青年突击队助力武汉新冠核酸筛查“十天大会战”

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5月11日，武汉市新冠肺炎疫情防控指挥部紧急决定，在全市范围内开展全员新冠病毒核酸筛查“十天大会战”，计划在10天以内对全市1000多万人进行新冠核酸筛查。这是一场全民大检查，关系到每个单位、每个家庭、每个人员的健康与安危。一座千万人口的特大城市，发起了对新冠病毒的最后一战。作为位于武汉的本土企业，希望组时刻牢记社会责任和使命，再次勇挑重担，迅速组织一支百余人的青年突击队，全力以赴迎战“十天大会战”。

本次核酸检测大会战时间紧、任务重、范围广；对样本的接收、运输以及实验环节的管理都是巨大挑战。希望组迅速组织起一支百人突击队，从仪器准备、物料采购、人员培训及分时排班等多方面进行科学合理的资源调配，并进一步加强实验室质量控制（希望组医学检验实验室通过全国新冠病毒核酸检测室间质量评价），从而保质保量完成任务，服务好武汉抗疫大局。

本次希望组青年突击队的成员绝大多数是“八零后”“九零后”，但是突击队成员积极向上的精神和昂扬的斗志，自信的笑容感染了参加大会战的每一个同事。穿着厚重的防护服，长达八小时的连续工作不吃不喝，并没有打垮大家的战斗欲望，突击大队三班倒，保证样本录入、核酸提取、样本检测24小时不停歇，单日检测样本峰值达到了4万人份以上。

在提升检测能力的同时，我们也丝毫不放松质量控制。2020年3-4月，希望组陆续满分通过国家和省级新冠病毒核酸检测室间质评活动，也针对此次大会战制定了专门的质量控制措施，通过科学设计检测流程，严格控制运行环节，确保每一份检测结果的可靠性。大会战期间武汉市、区各级卫建委及相关部门多次进行现场监督检查，对希望组科学的检测流程、严格的生物安全防护、高效的检测速度给予肯定。

 
5月24日，武汉新冠核酸筛查“十天大会战”接近尾声，希望组也交出一份优异的答卷。连续10天不间断运行，希望组累计检测样本量超20万份，单日最高检测量达到了4.1万份！每一份检测结果都凝聚着希望组成员的汗水，为武汉市民重启新的生活做出自己应有的贡献！

希望组线上课堂|三代测序基因组、转录组前沿应用

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2020.5月6日-25日每周一、三、五晚8点-9点
希望组线上课堂来了！5月6日-25日，每周一、三、五晚8点-9点，为大家带来三代测序技术在复杂基因组组装、全长转录组、单细胞转录组等研究领域的前沿应用分享，课程内容涵盖实验技术、分析方法、研究策略等，干货满满，不容错过！
讲师风采
王洋
 
毕业于清华大学生命科学学院，师从国际知名分子遗传学家薛定教授，于2016年获得博士学位，并以一作身份在Nature Communication等杂志上发表文章，在分子生物学、细胞生物学、遗传学、基因组学等领域拥有丰富的科研经验，精通各种生物学常见实验技术手段。深度理解Oxford Nanopore、PacBio及Bionano平台的技术特点、应用场景及各种实验方案。
胡江
 
希望组科技服务生信研发总监 具有近十年高通量数据分析的经验，熟悉常用生物信息学软件、数据库，并精通Python，C、R以及高通量数据分析常见算法、流程，主持开发基于三代数据的组装NextDenovo以及矫正NextPolish软件，参与发表10多篇包括Nature Genetics 、Nature Communications、Science在内的文章，专注于三代测序技术在基因组学及转录组学的应用。
梁帆
 
毕业于武汉大学，从事生物信息研发和分析工作近十年，参与多项基因组学，转录组学和群体遗传学项目的数据分析工作。2011年起，参与人类群体和植物群体的分析工作；2014年起，参与三代测序在基因组、转录组、微生物多个方向的应用研发和分析工作；2017年起参与三代测序在遗传病、肿瘤方向的应用研发和分析工作。项目成果文章20余篇，先后发表在Nature Genetics、Developmental Cell等杂志上。
刘雷
 
武汉大学遗传学博士，多年三代测序行业经验，主导并参与多项基因组学，转录组学研究项目设计与技术支持工作，以共同作者和主要参与者发表的项目成果SCI文章10余篇。
吴双菊
 
希望组生产实验部门负责人，毕业于武汉大学药学院，生物化学与分子生物学博士。主要负责ONT（Oxford Nanopore Technologies）平台新产品研发及产品优化，包括ultralong测序、微量建库、全长转录组测序、RNA直接测序等产品的研发及流程优化。
李净净
 
2013年硕士毕业于深圳大学，曾任华大基因算法工程师，参入原CG平台LFR组装软件开发。国内早期从事基于Long Reads(Pacbio/Nanopore/Bionano/Hi-C)平台项目执行、产品推广，拥有丰富的动植物基因组项目实战经验。
孙宗毅
 
希望组科技服务全国销售总监，具有近5年的组学数据分析经验，熟悉常用生物信息学软件、数据库，并精通Python、Perl语言和基因组组学分析算法、流程，擅长处理复杂基因组、超大型基因组组装问题。
汤冬
 
希望组科技服务转录组生信分析主管，毕业于南京农业大学，致力于转录组方向的生物信息分析，有丰富的全长转录组和单细胞分析经验，精通各类测序平台数据特点，近两年以来主攻ONT（Oxford Nanopore Technologies）平台的转录组数据的应用。
封力
 
希望组科技服务资深生信分析工程师。生物化学与分子生物学硕士，长期从事转录组分析，精通二代RNA-Seq、全长转录组分析流程及方法，开发了多种转录组分析流程。

Bionano 光学图谱，真实之美！

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Bionano Saphyr 光学图谱作为基因组学研究的重要工具，其关键技术DLS标记（Direct Label and Stain）能够在不产生任何物理损伤的情况下，完成基因组DNA标记，从而获得完整、真实的超长DNA标图谱，分子N50长度最高可达300kb以上！
“眼见为实”的DNA景观

Bionano光学图谱展现了天然DNA分子的真实景观。利用SP DNA分离试剂盒获得超长DNA分子，用直接标记染色法(DLS)进行无损荧光标记，通过纳米微流控芯片将每一条DNA分子线性化展开，并进行高分辨率荧光成像，为基因组学下游应用提供原始DNA景观。这一真实的基因组物理图谱，为基因组组装提供了染色体尺度的框架，并能高效检测到大片段纯合子和杂合子结构变异。

混合组装高质量基因组，Scaffold百倍提升！

Bionano光学图谱提供了基因组染色体级别的宏观框架，可以对Nanopore或PacBio测序拼接的Contig序列，进行排序和定位，并准确估计相邻Contig gap长度，同时可以识别并纠正Contig组装中潜在的错误连接，生成高质量的Scaffold序列。

图1 Bionano光学图谱与Contig序列混合组装。利用从头组装的Bionano光学图谱对Contig序列进行排序定位。

混合组装将最初的数千个Contigs缩减至少量Scaffold，提高了组装的准确性和质量，显著改善组装基因组的连续性。希望组基于Bionano saphyr Gen2平台数据能够将组装基因组Scaffold N50提升至124.65Mb，提升效果高达121倍！

校正Hi-C组装错误

Hi-C技术能够将短的序列Contig连接到染色体长度的Scaffold上。然而，这种高度随机的基于核内染色质交联频率的统计方法，在Contig排序和定向上有大量的错误。Bionano光学图谱可以帮助识别并纠正这些错误（图2）。

图2 某植物Hi-C基因组组装与Bionano光学图谱比对。Bionano光学图谱可以识别出Hi-C装配过程中错误定位的5个Contigs。在差异区域，长读测序技术与Bionano结构一致，进一步支持Bionano装配的准确性。

检测基因组结构变异

Bionano光学图谱可以利用单分子荧光标记检测结构变异，包括平衡易位、重复扩张、侧翼重复，甚至是大片段重复的重排，能够特异性展示基因组真实结构（图3）。

图3 Bionano光学图谱（蓝色）与参考序列（绿色）比对检测基因组结构变异。

希望组在2019年引进高通量Bionano Saphyr Gen2平台，目前Gen2平台数据产出稳定，已完成上百个辅助基因组组装和结构变异检测项目。希望组科技服务“感恩回馈，服务增值”活动火爆进行中，新签订Bionano Gen2测序项目即可获赠Nanopore测序或Hi-C文库。

活动详情咨询当地科技顾问，或邮件联系sales-support@grandomics.com，希望组科技服务，为您的科研之路保驾护航！

Nature index：2020年自然指数年度榜单 希望组勇夺中国测序行业第二名

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4月30日，Nature Index网站更新了最新的自然指数排名（统计自2019年1月1日至2019年12月3 […]

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再次突破！希望组自动化Hi-C纠错挂载流程实现大型基因组染色体水平组装

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继攻克大型基因组组装难题后，希望组科技服务开发出自动化Hi-C纠错挂载流程，不仅能纠正组装序列的错误，还解决了大型基因组Hi-C挂载错误多，难以人工校正的问题，实现大型基因组从草图到染色体水平组装的全流程技术突破。

目前，利用Hi-C技术将基因组草图序列高精度地定位到染色体，并确定其在染色体上的顺序和方向，构建出染色体水平基因组，已经成为动植物基因组de novo组装的标准配置。然而，某些具有大型基因组的物种很难获得染色体水平的基因组，一方面，大型基因组草图组装难度大，已经发表的大型基因组，组装指标普遍较低，Contig N50多在Kb级别；另一方面，碎片化的大型基因组草图，导致Hi-C挂载率普遍不高组内错误较多，并且几乎无法通过人工方式进行调整。缺少染色体级别的基因组序列，严重阻碍了大型基因组染色体进化、比较基因组及三维基因组研究工作。

针对大型基因组组装问题，希望组基于NextDenovo自主组装算法结合纳米孔测序的超长读长优势，已完成了多个10Gb以上大型基因组的测序组装工作，获得的大型基因组的Contig N50均在Mb水平，基因组完整性也较高，为实现染色体水平的组装奠定坚实基础。

基于高质量的基因组草图，大型基因组的Hi-C挂载率提升明显（95%以上），但是热图显示组内挂载错误较多（图1）。使用传统的软件或人工可以对比较小的基因组进行Hi-C热图校正，但是大型基因组几乎无法采用这种方法。

图1 某大型基因组Hi-C初始挂载热图（左）和自动化纠错、校正后的Hi-C热图（右）

为此希望组开发出自动化Hi-C纠错挂载流程，可以进行Hi-C互作热图绘制展示和组装结果调整，从图形上快速校正已有组装的错误。某大型基因组经过自动化Hi-C纠错、校正以后组内错误得到了极大改善，热图中邻近的序列间（对角线位置）交互强度高，而非邻近的序列之间（非对角线位置）的交互信号强度弱，在对角线以外区域没有明显的噪音（较强交互强度），证明基因组组装效果较好（图1）。

大型基因组的测序和组装仍是世界性难题，希望组通过自主研发NextDenovo组装算法、攻克纳米孔超长测序瓶颈、开发自动化Hi-C纠错挂载流程，最终实现大型基因组从草图到染色体水平组装全流程的技术突破。这是希望组在基因组组装领域持续深耕多年的技术实力的集中体现。

对大型基因组组装感兴趣？

请联系希望组当地科技顾问，或发送邮件至sales-support@grandomics.com。

希望组科技服务，为您的科研之路保驾护航！

N50提升121倍！希望组Bionano Gen2辅助组装实力展示！

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希望组在2019年引进Bionano新版Saphyr Gen2平台，目前Gen2平台数据产出稳定，辅助基因组组装N50提升可达121倍，效果惊艳！

Bionano Gen2平台采用最新版本纳米微流控芯片，单张芯片具有三个FlowCell，每个FlowCell产出高达1300Gb，每张芯片理论上可获得最高3.9Tb的数据。希望组多个项目实测数据均能达到1300Gb，每100Kb平均标记数量在13个以上，有效数据N50在240Kb以上，数据产量和质量完全满足后续分析需求。

希望组Bionano Saphyr Gen2实测数据展示


Bionano提供真实的DNA物理图谱，能够有效解决复杂动植物基因组组装中出现的错误，同时大幅度提升组装版本连续性，甚至实现染色体水平组装。希望组基于Bionano Gen2数据能够将组装基因组scaffold N50提升至124.65Mb，提升效果高达121倍！

 

希望组BionanoGen2辅助组装项目案例

BionanoGen2数据通量提升至Tb级别极大拓展了其应用范围，在动植物基因组研究领域完美适配大型基因组，在医学研究中可用于人类面肩肱型肌营养不良症（FSHD）的诊断。
为回馈广大客户，希望组隆重推出服务增值活动：即日起，体验Bionano Saphyr Gen2平台，即可获赠ONT PromethION芯片免费测序和免费Hi-C文库增值服务。

活动详情咨询当地科技顾问，或邮件联系sales-support@grandomics.com，希望组科技服务，为您的科研之路保驾护航！

庆五一，迎开学，希望组三代测序感恩大回馈！

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庆五一迎开学,希望组三代测序感恩大回馈！

风雨洗礼后的中华大地生机无限，史上最长寒假也终于接近尾声，全国各地高校陆续发布了师生返校安排。自疫情发生以来，全国人民精诚团结，倾力支援武汉，谱写了中华民族一首首感人肺腑的诗篇！作为一家位于湖北武汉的科技服务型公司，我们也感念于全国客户多年以来的大力支持，借此机会，希望组科技服务正式开启“感恩回馈，服务增值”活动，回馈全国高校、科研单位老师同学，让科研基金尽其所用，助力您的新学期科研工作加速开展！

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