2021年度自然指数年度榜单公布,希望组再度名列行业前茅!
Plos Biology ∣ 汤富酬课题组与希望组开发出单细胞转录组三代单分子测序新方法
AJHG报道Nanopore测序技术发现眼咽远端型肌病致病新基因
希望组项目文章|Nature Genetics高质量基因组揭示棉花A亚基因组起源
希望组团队与青岛星赛/单细胞中心团队会谈后合影
单细胞测序技术开始发表至今,已逐渐成为一种成熟的测序手段,很好地解决了样本异质性问题,并将分析水平提升至了单细胞维度,广泛应用于动植物以及人类样本中。但由于众多微生物难以分离培养等限制,单细胞微生物组学充满挑战。单细胞拉曼分选技术,是基于微流控芯片的流式RACS技术,通过集成基于介电的单细胞捕获释放和电磁阀吸吮技术,实现了高速流动状态下单细胞的捕获、拉曼采集、释放和分选,单细胞经液滴包裹后,不仅可以保护细胞免受分选过程中的损伤,还可与分选后细胞的培养、DNA、RNA、蛋白等的提取与分析等无缝衔接。长读长测序技术,以PacBio sequel II和Oxford Nanopore PromethION为代表的高通量测序系统,凭借单分子、长读长、高通量、直接检测碱基修饰等优势,已在基因组学、转录组学、表观组学、单细胞等各个研究方向有着广泛深入的应用。
青岛星赛销售的单细胞拉曼分选–测序耦合系统(RACS-Seq)
此次双方合作推出的单细胞微生物测序产品,正是结合单细胞、拉曼光谱、长读长各自的优势。基于单细胞拉曼成像的拉曼组(Ramanome)技术能够非标记、非破坏性地识别与分析广泛的细胞功能。单细胞拉曼分选技术,通过原创仪器和软件,实现了拉曼采集、分析、单细胞液滴包裹及分选的高度自动化。之后,结合单分子长读长测序技术,获取更完整的微生物单细胞基因组、转录本序列。通过多维度的数据采集,一次实验可同时获得微生物拉曼光谱数据和单细胞长读长测序数据,可联合分析,在单细胞水平多维度研究微生物分类、进化、基因功能等。
微生物单细胞基因组长读长测序流程图
关于星赛生物
星赛生物专注于单细胞维度医疗器械与科学仪器的研发与产业化。致力于在单个细胞(微生物、人体、动植物)的精度构建代谢功能和基因组之间的关联,着力打造国产高精尖生命科学仪器品牌,竭诚为客户提供原创、一体化、全方位的“单细胞代谢成像-分选-测序-培养”解决方案。开发的基于拉曼组、元拉曼组、RAGE、pDEP-RADS等新原理和原创部件,克服了单个细菌细胞之拉曼分离可靠性低、核酸扩增容易污染、全基因组测序覆盖度不均等关键技术难点,开发首台“单细胞拉曼分选-测序耦合系统”(RACS-Seq®),实现了菌群单细胞功能检测、分选、测序与培养之完整流程的仪器化。针对微生物感染药敏性快检这一临床紧迫需求,开发“临床单细胞拉曼药敏快检仪”(CAST-R™),实现了临床样品出发3小时微生物鉴定和药敏性表型定量测定,以及拉曼分选后单个临床耐药大肠杆菌细胞的测序(>90%基因组覆盖度)和培养,目前已经进入医院检验科应用示范。此外,我们还推出了高通量流式拉曼分选仪(FlowRACS®),可对流动状态的活体细胞进行非标记式、单细胞精度、高通量分选,拉曼全谱分选通量国际领先(>500 cells/min);单细胞微液滴分选系统(EasySort®),可开展保持样品原位状态的活性单细胞精准分选,实现样品单细胞观测监测、捕获操纵、分离提取等。
近日,北京希望组生物科技有限公司与湖南农业大学植物保护学院达成产研学合作协议。双方将本着“优势互补、资源共享、互惠双赢、共同发展”的原则,在科研项目、生信学术交流、人才培养、学生实习就业等方面展开一系列的战略合作。
2020年9月10日,金秋飒爽。正值教师节当日,湖南农业大学植物保护学院–北京希望组产研学合作签约仪式在湖南长沙举行。湖南农大植保学院领导班子及师生代表、北京希望组CEO汪德鹏先生及团队成员共同参加了签约仪式。会议由湖南农大植保学院副书记兼副院长汤庆熹主持。汤书记首先向全体参会者介绍了植保学院的历史沿革、人才队伍与科研实力,以及和北京希望组合作的整体背景。此后,植保学院院长李有志教授代表植保学院对北京希望组团队的到来表示热烈欢迎,并对本次的双方牵手合作给予了殷切希望。北京希望组CEO汪德鹏先生随后发言,他介绍了公司在技术层面的开拓与最新进展,也希望借此契机,能为学院和公司挖掘并培养出一批真正的生物信息技术人才。仪式的最后,双方代表李有志院长和汪德鹏先生正式签署了湖南农业大学植物保护学院–北京希望组产研学合作协议。
2020年8月28日,第九届中国创新创业大赛科技计划项目产业化专业赛(湖北专场)决赛在武汉举行。中国创新创业大赛是创新创业领域最重大的全国性赛事,希望组由王洋博士代表团队参赛,希望组本次参赛项目《三代测序助力精准医疗》荣获全省成长企业组二等奖,总体排名高居全行业第二,生物科技产业第一名。这次获奖是对希望组在三代测序领域深耕多年的实力见证。
大赛现场答辩环节,王洋博士分享了公司的发展历程,并着重介绍了公司成立以来在三代测序领域进行的创新性研究,以及在科研服务和医学应用领域形成的特色性产品与服务。
答辩结束后,由7名金融机构、创投行业的著名专家担当评委,当场亮分,希望组代表组取得94.40的高分,荣获二等奖,位列生物科技产业第一名。
数字化转型是当下的热门话题,更是企业变革的明显趋势。在后疫情时代,企业加速推进数字化转型,将技术服务送上快车道:先进管理、数据监控、国际化接轨。数字化管理将帮助希望组向更好的发展模式转型,内部优化协作和管理,降低运营成本,效能提升,业务创新,加速增长;外部提高与客户的互动效率,改善用户体验,进而赢得客户的信赖。
4日上午,双方领导出席交流会并分别致辞,共同见证双方携手探索崭新的管理体系、开启合作共赢新篇章。会上胡明超先生以华为自身案例分享了为什么要数字化转型以及怎么进行数字化转型。随后,希望组集团创始人汪德鹏先生说道:“数字化转型是公司发展的必然,我们将和华为云展开深度合作,全面升级公司的数字化管理系统,提高公司的核心竞争力。”
华为云中国区数字化转型首席咨询顾问胡明超先生深度讲解数据化转型
之后,在希望组创始人汪德鹏先生的带领下,张斌总经理一行人参观办公区,了解公司的成长历程和业务内容,深入调研希望组数字化转型的战略规划和建设需求。华为云的管理专家与希望组业务团队也进行了充分的交流。“数字管理”转型将让科技服务、医疗诊断更加精细化,科学化、智能化。
希望组创始人汪德鹏先生介绍公司概况
从三代测序技术的先锋,到全国新冠疫情抗击的参与者,希望组一步步完善着服务体系和战略布局,持续聚焦“精准医疗诊断”和“科技服务”领域,加强对外合作与公司管理的数字化转型,坚持提供更好、更专业的技术服务!
喜大普奔,奔走相告,NextDenovo云组装平台上线啦!
对基因组组装了解的童鞋应该都避不开NextDenovo,NextDenovo软件是专用于基因组三代测序数据组装的软件,不但解决了现有三代测序数据组装工具资源占用大、运行时间长、组装质量不稳定的瓶颈,还实现了单Contig一条染色体和超大型基因组组装的突破,为利用三代数据组装基因组扫清了组装算法的障碍。
如何组装好基因组是三代基因组领域的一个基础问题。目前,受限于组装软件的选取和服务器资源的限制,三代基因组组装大部分依赖于服务公司的服务,而越来越多有一定生信基础的老师和同学们有着自己做组装的需求。因此,希望组联合华为云于近日推出了NextDenovo组装软件云上服务,欢迎各位老师同学选购使用!
操作流程
NextDenovo云组装平台
网址:http://hanwell.grandomics.com
入口简洁,只需输入账号和密码即可进行云服务。账号密码可通过邮件或者联系希望组当地销售人员注册 Hanwell云账号获取。
reads(华为云obs 路径)
输出路径(可开通sfs 存储)
其他参数和NextDenovo 官网参数一致,详细参数意义可以参考Github 官方文档(https://github.com/Nextomics/NextDenovo)。
2020年6月22日,武汉希望组医学实验室成功升级Sequel II测序平台,这标志着希望组(GrandOmics)成为了可以提供全平台三代测序的服务提供商(PacBio Sequel II,ONT PromethION 48,Bionano Saphyr )。希望组将利用所拥有的多平台组合与自主研发的三代测序算法、软件,继续拓展三代测序技术在病毒基因组变异检测、动植物基因组近完成图、遗传性疾病诊断与筛查、肿瘤诊断与筛查等领域的应用,进一步扩大公司在三代基因测序服务领域的优势,为客户提供更全面、更优质的服务。
Sequel II测序仪及SMRT Cell 8M芯片
本次核酸检测大会战时间紧、任务重、范围广;对样本的接收、运输以及实验环节的管理都是巨大挑战。希望组迅速组织起一支百人突击队,从仪器准备、物料采购、人员培训及分时排班等多方面进行科学合理的资源调配,并进一步加强实验室质量控制(希望组医学检验实验室通过全国新冠病毒核酸检测室间质量评价),从而保质保量完成任务,服务好武汉抗疫大局。
在提升检测能力的同时,我们也丝毫不放松质量控制。2020年3-4月,希望组陆续满分通过国家和省级新冠病毒核酸检测室间质评活动,也针对此次大会战制定了专门的质量控制措施,通过科学设计检测流程,严格控制运行环节,确保每一份检测结果的可靠性。大会战期间武汉市、区各级卫建委及相关部门多次进行现场监督检查,对希望组科学的检测流程、严格的生物安全防护、高效的检测速度给予肯定。