中国市场喜迎牛津纳米孔技术

2017年10月:牛津纳米孔的DNA与RNA测序仪产品正式进入中国市场

牛津纳米孔的MinION测序仪,拥有长读长、实时测序、便于携带等优势,在中国为相关研究人员所广泛使用,应用于各种不同的专业领域,其中包括:病原体研究、人类遗传学、植物遗传学、动物遗传学、宏基因组学等。未来在中国MinION测序仪也将被运用于RNA直接测序项目。

牛津纳米孔的GridION测序仪目前已正式进入中国市场。近期,中国第一台、第二台、第三台GridION已顺利到达北京希望组(GrandOmics)的实验中心,已正式面向中国市场提供牛津纳米孔的专业服务。永诺生物(Forevergen) 旗下ONT测序独立品牌CookGene也将在本月迎来一台新的GridION,以继续帮助该公司开展de novo基因组项目,该项目的成果已在Nature Methods期刊中发表。中国市场的药品企业先声药业旗下的先声诊断(Simcere Diagnostics) 也将迎来第一台GridION X5,为该公司未来针对传染病控制的临床诊断工具、研发和相关产品开发项目提供助力。

牛津纳米孔将不断地与中国市场以及各地分享卓越科技。ONT不仅由内部研究人员使用,还将通过GridION和PromethION平台为更广泛的客户群提供牛津纳米孔的专业测序服务。

牛津纳米孔商务发展与技术支持专员已经来到中国,随时准备为中国客户提供专业的服务。ONT即将于今年在上海设立中国办公室。与此同时,其认证经销商,上海纳昂达生物科技有限公司(Shanghai Nanodigmbio),将为中国市场不断增长的纳米孔产品服务需求提供最优方案。

October 2017: Oxford Nanopore sequencing technology is now available in China.

The long-read, real-time, portable MinION sequencer is now being used by researchers across China, who are working on myriad DNA sequencing applications including: pathogen research, human genetics, plant genetics, animal genetics and metagenomics. Chinese researchers are also preparing to start cDNA and direct RNA sequencing projects.

The GridION X5 device, which allows five Flow Cells to be run individually or concurrently, and includes computing functionality, has also arrived in China. For example, GrandOmics has announced the arrival of three GridIONs with three more to come, and is establishing its nanopore sequencing service at NextOmics to Chinese customers. CookGene, the subsidiary of Forevergen that specialises in Oxford Nanopore sequencing, will be welcoming their new GridION this month, to continue their de novo assembly work that was recently published in Nature Methods (WeChat link) .  Simcere Diagnostics, a division of Simcere Pharmaceutical Group, a leading Chinese pharmaceuticals provider and healthcare innovator, will be welcoming their first GridION X5 soon, in order to progress their work on development of future clinical diagnostic tools, R&D services and healthcare products for infectious disease management. Watch this space as more nanopore technology makes its way China and across the world; some will be used in-house by researchers and some GridIONs/PromethIONs will be used to offer nanopore sequencing as a service.

Oxford Nanopore now has China-based commercial and support staff and is preparing to open a new Shanghai office this year. We are also working alongside a local distributor, Shanghai NanodigmBio, to service increasing demand for Oxford Nanopore products and services across China.

转自ONT官网

未来已来,Oxford Nanopore测序中心落户中国

2017年9月21日下午,中国第一台、第二台、第三台Oxford Nanopore GridION X5通过中关村绿通平台入关,顺利到达了武汉未来组(NextOmics)位于北京中关村生命科学园创新大厦的实验中心,在英国Oxford Nanopore公司技术团队的协助下,通过了安装调试,已正常运行。

GridION X5序平台
  • 5个MinION流动槽,可根据项目实际运行情况,单独使用或协同使用流动槽
  • 在1个run的48小时内可生成高达100 Gb的数据
  • 通过USB连接到计算机,全面处理下机数据
  • 作为MinION延展性的高通量平台,GridION X5将与MinION结合应用到不同规模的项目中

Nanopore平台优势应用
超长读长基因组组装更容易,轻松跨过基因组重复区域,提升基因组组装质量,检测结构变异。直接检测甲基化修饰

经离子电流特征性改变识别甲基化修饰,结果准确有效。

RNA直接测序

无反转录和PCR中biases,直接获取RNA甲基化修饰信息。

武汉未来组(NextOmics)测序基因组中心已拥有6台PacBio Sequel测序仪,搭建了BioNano平台,在武汉分析中心还搭建了Phoenix超算平台,对现有的分析流程进行了优化,积累了大量复杂基因组项目分析经验。

本次引进Oxford Nanopore平台,武汉未来组(NextOmics)将在PacBio Sequel一贯的长读长的优势基础上,进一步开发基于GridION的平均读长在50Kb以上的超长读长(Ultra long Reads)的应用,将与PacBio Sequel平台各发挥其所长,相辅相成,解决基因组学领域的技术瓶颈,为不同的科研及医学项目提供灵活、低成本、定制化的测序服务。同时,未来组还将在mRNA直接测序、表观转录组学等领域进行深度的探索,用以解决目前科服与医学领域无法解决难题。

等待未来,不如创造未来!

未来已来,R U Ready?

未来组引进BioNano Saphyr平台

继未来组2016年搭建了Sequel平台,2017年,未来组基因组测序中心又添强将——通量更高的BioNano Saphyr平台,与Sequel组基因组学研究的“精兵强将CP”,未来组基因组测序中心将不仅为基因组学合作伙伴提供优质的服务,更会进一步压缩项目周期。

物理图谱是基于DNA中一些可识别的界标(如限制性酶切位点、基因等)在 DNA上的物理位置而构建的图谱。如要获得完整的物理图谱,基于BAC(Bacterial Artificial Chromosome,细菌人工染色体)、YAC(Yeast Artificial Chromosome,酵母人工染色体)等构建的物理图谱,通常耗时耗力,随着测序技术的发展,更便捷更高通量的BioNano单分子长片段基因图谱技术出现了,BioNano图谱技术利用酶切对DNA上进行特异性的标记,再经单分子高分辨率荧光成像,得到酶切位点的图谱,在基因组组装和结构变异等基因组学研究中应用广泛。

2017年6月,Bionano Genomics公司创始人到访希望组&未来组北京实验中心,与北京总部管理层进行了深入交流,为大家讲解了BioNano Genomics公司创始契机,发展历程以及在未来精准医疗中前景展望,引发大家热烈讨论。

在未来组以往的BioNano基因组项目研究中,一直与BioNano Genomics公司团队保持着密切沟通,此次BioNano Saphyr平台的搭建,是双方战略合作的一个新的开始。

作为第三代测序服务公司,未来组基于第三代PacBio SMRT测序优势完成了大量复杂基因组组装项目,同时借助BioNano  Irys测序平台辅助,极大的提升了复杂基因组的组装指标。

未来组动植物基因组BioNano项目案例

2017年,未来组基因组测序中心搭建的最新平台BioNano Saphyr,是在第二代Irys系统的基础上进行升级优化,速度、通量、数据处理能力大幅度提升,工作流程大量简化,减少了人工操作时间。未来组将借助BioNano Saphyr通量和速度的提升,继续深耕基因组学领域,同时也会将结构变异分析中的科研成果转化到希望组遗传病诊断、癌症研究等应用中。

未来,双方将在基因组学及临床医学中进一步合作,为未来精准医疗中的原始数据精准性提供坚实基础,肩负社会责任感,共同发展,推动行业进步。

关于Binano Genomics

Bionano Genomics公司基于其专利芯片技术开发的高通量单分子层的基因组长距离分析方法,于2014年商业化为第二代的单分子基因组Irys分析平台, 2017年又推出第三代的通量更高的单分子基因组Saphyr分析平台, 目前平台系统遍布全球五大洲。

关于未来组

未来组深耕基因组学科研领域,完成了大量复杂基因组项目,2016年搭建未来组基因组测序中心,已拥有Sequel、BioNano Saphyr及Hi-C等技术平台,借助BioNano Saphyr通量和速度的提升,助力科学家完成更多复杂基因组组装和结构变异的分析。

未来组全国巡讲

未来组全国巡讲

基于三代测序的动植物基因组及转录组学最新研究进展

近年来,PacBio SMRT 技术因其长读长、无偏好性等优势逐步被广大研究人员所接受,应用日趋广泛,其在大型动植物基因组和全长转录组等方面的研究成果近期爆发性地产出,例如四倍体藜麦硅藻山羊等基因组发表在Nature、Nature Genetics,以及高粱玉米矮牵牛等数十篇全长转录组文献陆续见刊,不断指引着组学研究的潮流。

未来组作为三代测序服务供应商,长期致力于前沿组学研究技术的推广及应用,2016年已搭建三代测序中心,为合作伙伴提供专业和优质的服务。

2017年第二季度,未来组将进行全国巡讲,为相关领域研究人员带来“基于三代测序的动植物基因组及转录组学最新研究进展”,覆盖从课题思路,项目执行及文章撰写全过程,不论是创新点还是重难点,您都将从未来组巡讲中获得答案。

以下为巡讲详细信息:

区 域

单  位

地  点

时  间

华中

中国科学院水生生物研究所水生所标本馆506

4月18日
周二上午9:30

中国农业科学院油料作物研究所

油料所二楼会议室

4月18日
周二下午14:30

华中农业大学

华中农业大学植物科学技术学院主楼315A

4月19日
周三上午10:00

河南农业大学

一号楼二楼学术报告厅

4月20日
周四上午9:30

河南省农业科学院

综合楼八楼会议室

4月20日
周四下午15:00

华北

中国农业大学

玉米中心112会议室

4月24日
周一下午15:00

中国农业科学院生物技术研究所

生物所216会议室

4月25日
周二下午14:30

首都师范大学

理科楼418

4月25日
周二晚上19:00

北京市农林科学院

综合楼二楼会议室

4月26日
周三上午10:00

中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

畜禽改良中心一楼视频会议室南109

4月26日
周三下午14:30

北京中医药大学

望京校区东12较

4月27日
周四上午9:30

北京林业大学

实验楼407

4月27日
周四下午14:30

中国林业科学研究院

新森保楼小会议室

4月28日
周五上午9:30

华东

上海辰山植物园辰山科研中心二楼报告厅5月3日
周三上午10:00

上海海洋大学

水产生命学院A211

5月3日
周三下午15:00

上海交通大学

农业与生物技术学院 3-101

5月4日
周四上午10:00

南京农业大学

生物技术楼A3003

5月5日
周五上午10:00

南京林业大学

生物技术大楼61002

5月5日
周五下午15:00

浙江大学农生环楼c栋912

5月8日
周一上午10:00

安徽农业大学

国重楼111室

5月10日
周三上午10:00

南昌大学

南昌大学理科生命大楼A429

5月11日
周四下午15:00

江西农业大学

拾禄楼4楼报告厅

5月12日
周五上午10:00

浙江农林大学

东湖校区智能实验楼二楼大会议室

5月17日
周三下午14:00
云南云南大学校本部西楼313

5月15日
周一下午14:00

中国科学院昆明分院

西南生物多样性实验室楼1-24

5月16日
周二上午9:30

中国科学院昆明植物研究所

种质资源库4025月16日
周二下午14:30

中国科学院昆明动物研究所

主楼3-27

5月17日
周三下午14:30

中国科学院昆明植物研究所南楼4楼会议室

5月18日
周四上午9:30

福建

福建农林大学

海峡联合研究院
基因组与生物技术研究中心
(下安实验1号楼)5楼报告厅

5月24日
周三下午14:30

厦门大学环境与生态学院金泉楼A 239 会议室

5月25日
周四下午14:30

未来组三代测序中心启动仪式

3月11日下午,希望组&未来组三代测序平台启动仪式在北京总部盛大举行。本次仪式可谓高朋满座,大咖云集。来自科研领域、医疗领域以及媒体界等几十位嘉宾出席了启动仪式,共同见证这一盛事。

本次启动仪式于北京时间3月11日14点,在希望组&未来组北京总部隆重拉开帷幕。活动邀请了热心肠道联合创始人热心肠先生–蓝灿辉先生作为嘉宾主持人。

图:蓝灿辉先生

图:王文礼先生

仪式开始,由中关村生命科学园总经理王文礼先生代表中关村生命科学园,向希望组&未来组三代测序平台启动仪式致辞。

王总表示现代生物技术和新医药产业被喻为新世纪永远成长的“钻石产业”,成为当今各国激烈竞争、势在必夺的战略制高点。希望组作为三代测序精准医疗公司入驻园区,已成功搭建了三代测序技术平台,必将推动生命园区的医疗创新步入新台阶,将为生命园区的发展注入更多的新鲜血液,将会带动整个园区在生物技术、基因检测领域谱写出新的新篇章。

随后PacBio创始人及CTO Stephen Turner先生风趣幽默的讲述了PacBio的创业历史以及Sequel的发展历程,并介绍了三代测序在科研和医学领域应用的广阔前景。

图:Stephen Turner先生

图:张涛先生

基因集团董事局主席张涛先生发表致辞,向希望组&未来组表示热烈祝贺,张总表示本次启动仪式是在测序发展史上的重要里程碑,不仅对希望组&未来组至关重要,对基因公司及PacBio公司也至关重要。基因公司作为希望组&未来组供应商,希望今后能继续为希望组&未来组提供更好的服务,为基因测序做出重要的贡献。

图:黄尚志教授

本次活动还邀请了北京协和医院医学遗传学教授,中国遗传病及罕见病领域的专家—黄尚志老师,黄老师提出目前仍有很多以往的检测技术无法解决的复杂序列问题,导致很多疾病无法在分子水平上得到明确的诊断。期待希望组&未来组团队能借助三代测序平台超长读长的优势填补这块技术空白。

图:汪德鹏先生

仪式最后,希望组&未来组CEO汪德鹏先生向在场嘉宾简单介绍了建立未来组及希望组的契机及历程,同时展示了所取得的重要进展:参与发表了“华夏一号”—中国第一个参考序列级别的黄种人基因组近完成图,并参与相关国家、国际标准的制定;建立了与包括道培医疗集团在内多家大型医院的三代测序精准医疗战略合作;开发了低覆盖深度全基因组三代测序检出结构变异的产品。并表示将不负众望,带领团队持续创新,并逐步将科研服务方面的领先优势迅速转化为极具临床价值的核心竞争力。

活动最后以PacBio公司亚太区总裁Ram Laxman 先生向希望组授牌—“三代测序遗传病检测公司”为尾声,启动仪式顺利结束。此次活动标志着希望组&未来组步入了一个新的阶段。

寄语:

继未来组3台Sequel测序仪正常运行数月后,希望组实验中心的3台Sequel测序仪也安装调试完成,并实现了稳定的高数据产出。这样6台PacBio Sequel测序仪已全数到位。超长的读长,平均读长达10kb以上,每天可产出超60G数据,月均产出可高达2T。标志着希望组&未来组成为迄今Sequel数据产出中心

3+3 Sequel已到位,三代测序中心

未来组 6台PacBio Sequel 测序仪已全数到位。
超长的读长,6倍的通量,
月均产出将高达2T

武汉未来组于2016年订购了6台最新PacBio Sequel测序仪,其中三台位于武汉研发中心,另外三台位于未来组北京实验室,现均已通过调试,正持续高通量产出。

测序仪是测序技术的核心武器,一个现代测序中心对测序仪机种和机型的选择,事关命运,靠的是理念与远见,调查与预测(《基因组学》,杨焕明)。

2016年,未来组在同行业火拼X10时,已出手引进了PacBio Sequel测序仪,并率先完成Sequel平台试剂升级和测试,目前正平稳运行,为各位客户保质保量产出数据,那ATGC谱写出的是耳边不断跳动的音符。

未来组基于PacBio SMRT测序平台,积累大量的大基因组组装经验和创新,解决了超大基因组组装、多倍体组装难题,通过搭建Sequel测序平台和天河2号快速组装平台,将会大幅度缩短项目交付周期。2017年,未来组期待与您一起制定基因组测序计划。

未来组再次助阵PAG会议,这次我们会带去什么?

第25届国际动植物组基因组学大会(Plant & Animal Genome Conference,PAG)将于2017年1月14日-18日在美国加州圣地亚哥Town & Country会议中心举行。未来组诚邀您参与此次盛会,莅临未来组展位329,共同探讨动植物基因组学之未来新思路!

PAG会议是知名的基因组学盛会,专家们汇集一堂,报告、研讨模式生物、畜禽、水生生物、作物、微生物等各物种领域的基因组学进展,内容涉猎广泛深入,是动植物基因组学领域最高水平的国际会议。由于每年PAG会议都会有一系列新的课题进展和研究方法的发布,已经成为动植物基因组学领域的学者们最为关注的国际盛会之一。

在刚过去的2016年里,已有七十余种新的动植物基因组以SCI论文形式发表,其中约有1/4运用了第三代PacBio测序技术,如经PacBio测序组装得到的高质量大猩猩Susie基因组荣登了Science封面(点击了解详情),同时,基于PacBio测序的组装新算法也陆续推陈出新,例如NextSVFalcon-Unzip等生物信息分析软件的推出,解决了基因组学研究中结构变异、复杂二倍体基因组的单倍体定相等难题。相信在本次PAG会议上,将会有更多基于PacBio测序的动植物基因组的研究成果发布。

作为中国第三代测序服务的著名品牌,未来组将继续参展2017年PAG会议,本次未来组将会给大家带来什么?

未来组新购5台最新的Sequel测序平台, 此次盛会上将为大家展示Sequel平台平稳高通量运行的数据产出情况,以及多年积累的动植物基因组学的项目经验。未来组将继续推动基于PacBio测序的动植物大基因组研究的Super solution,包括超大基因组(大于15G),天河二号超级计算机群,分享第一个基于三代测序的亚洲人参考基因组“华夏一号”的成功组装经验。以及全长转录组、表观组学等贯穿多组学的Total solutions,敬请期待!

欢迎国内外参会学者莅临展位329,共同探讨动植物基因组学研究中的新技术和新思路。

“华夏一号”入围『天河之星』超算应用成果展

“华夏一号”入围『天河之星』超算应用成果展未来组应邀参加2016“天河二号”超算用户年会,分享三代测序最新应用成果中山大学国家超级计算广州中心于2016年12月8日至10日举办2016“天河二号”超算用户年会。武汉未来组在“天河二号”超算平台的应用项目——“华夏一号”,入围了2016“天河之星”超算应用成果展,并应邀参加此次会议,分享未来组在“天河二号”上最新应用成果。

作为此次2016“天河之星”超算应用入围成果展中唯一NGS测序项目的用户,未来组在会议中分享了三代测序技术在精准医疗和基因组学中的应用价值。

报告中,未来组也分享了 “华夏一号”的项目经验。该项目启动时,国内外均缺乏纯三代测序数据进行大型基因组(>1Gb)组装的现成经验,已有的生物信息学软件也并不完善,未来组通过对分析流程进行优化升级,并搭载“天河二号”超算平台,极大地压缩了该项目300G数据量的组装周期,顺利完成了第一个基于三代测序的亚洲人参考基因组,为中国人精准医疗提供了新入口和新标准。

未来十年,中国人健康医疗大数据规划将带来更加海量的数据,武汉未来组将依托“天河二号”平台,将三代测序技术的基因组全谱变异检测和医学级基于中国人基因组数据的注释系统Grandbox结合,为中国人提供真正的“精准医疗”。

北京希望组完成A轮近亿元融资,三代测序精准医疗扬帆启

北京希望组完成A轮近亿元融资,三代测序精准医疗扬帆启航

2016年12月5日,北京希望组宣布成功完成由经纬中国和赛富投资领投、清科创投跟投的近亿元人民币A轮融资,将全力推动三代测序技术应用和普及。清科资本担任本次交易的独家财务顾问。

作为中国第三代测序精准医疗公司,北京希望组是目前中国专注于三代测序自主研发的创业团队,立志通过前沿技术的创新应用来帮助提高遗传疾病基因检测精确度和检出率,为遗传病诊疗一线的医学工作者提供一站式大数据解决方案。

目前北京希望组拥有“未来组”和“希望组”两大品牌,分别面向科研和临床用户。作为中国第三代测序科研服务公司,未来组从2011年至今积累了丰富的三代测序实战经验,成为中国三代测序科研服务第一品牌。2015年,未来组成为北京希望组旗下科研服务品牌,帮助将科研服务方面的领先优势迅速转化为极具临床价值的核心竞争力。北京希望组在过去一年中取得多项重要进展,参与发表了“华夏一号”——中国第一个参考序列级别的黄种人基因组近完成图;建立了与包括道培医疗集团在内多家大型医院的三代测序精准医疗战略合作;开发了低覆盖深度全基因组三代测序检出结构变异的产品,将三代测序产品研发与临床需求紧密结合。

北京希望组由汪德鹏先生和王凯教授于2015年初在北京联合创立。汪德鹏先生在测序行业超过十年从业经历,参与多项重要产品孵化和早期推广,致力于探索前沿测序技术发展道路,并因此成为中国三代测序服务第一人。王凯教授在人类基因组科研领域超过十年的研究经历,是基因组大数据分析的国际行业标准制定者之一,并且主导了“华夏一号”这一完全基于三代测序组装策略的黄种人基因组课题。

在此之前,北京希望组于2015年底获得来自六合的天使投资。两轮融资的顺利完成背后,是团队战略和业务增长的不懈努力。本轮融资完成后,北京希望组将加大平台投入,在北京建立国内领先的三代测序平台,并在美国设立首个海外研发实验室;年底前,武汉测序实验室规模将扩大到三台PacBioSequel——这意味着从明年初开始,仅武汉实验室的单月数据产出能力就将超过1 Tb,并且随着Sequel性能提升还会进一步增加。与此同时,北京希望组还将增加研发投入、加快团队建设,在第三代测序技术快速发展的势头之下,为科研和医学合作伙伴提供更前沿、更全面的服务。

经纬中国成立于2008年,管理4支美元基金和5支人民币基金,总值185亿人民币;投资投后团队超过70人。经纬专注早期投资,着眼扎根中国市场的创业公司,我们相信这些新经济公司将全面改变中国人的生活方式和效率。经纬已投资超过370家公司,其中20家在中美等多地上市/ 挂牌,估值50亿美金以上公司6家、10亿美元以上的25家、1亿美金以上的超过100家。经纬关注互联网及移动互联网,如交易平台、企业服务、金融科技、新技术、移动医疗、消费升级、新文化、社交社区等。明星公司包括滴滴出行、陌陌、饿了么、恺英网络、猎豹移动、世纪互联、博纳影业、暴风影音、理邦仪器、土巴兔、找钢网、猎聘网、猿题库、PINTEC品钛、36氪、ofo等。

八年来,经纬在医疗领域已经投资近50家企业,覆盖医疗器械、互联网医疗和医疗服务,在医疗器械及IVD领域,已投资多家优秀企业,包括理邦仪器、瑞奇外科、心诺普医疗等。

赛富投资基金是一家领先的为亚太地区的高成长性企业提供资金支持的私募股权公司,在中国和印度分别设有办公室。赛富目前管理总规模近60亿人民币及40亿美元的投资基金。

赛富的投资领域主要涵盖消费类的产品及服务、科技行业、传媒业、通信行业、金融服务、医疗、旅游业及制造业。赛富主要从事在中国(包括香港和台湾)和印度的项目投资。

赛富在香港、中国大陆和印度拥有多名专业投资人士,与受资企业建立长期密切的合作关系。赛富帮助受资企业拓展其业务,充分发挥受资企业之间的协同效应,为受资企业引入先进的管理程序使股东利益得到最大化。

清科创投于2006年成立,目前管理4支美元基金、12支人民币基金,总规模为40亿元人民币,每年投资数十家高成长企业。清科创投目前已投资100多家优秀企业,涵盖互联网及移动互联网、消费零售及服务、医疗健康等多个行业。借助清科集团在国内强大的网络优势,我们能给被投资企业带来资金以外更多的增值服务,协助被投资企业取得卓越发展。

郑州大学生物信息系师生到访未来组

今日,国家“211工程”重点建设高校郑州大学生物信息系主任王振龙教授带领师生六十余人到访武汉未来组。未来组市场部、生物信息部及实验部等同事就公司概况、生物信息前沿技术发展及应用、新一代PacBio Sequel 测序仪从样品制备到下机数据分析全过程等进行了详细介绍,随后师生一行还深入到生产实验室及Sequel平台近距离参观体验。

双方不仅就前沿技术深入交流,还探讨了创新实践的重要性,学生们也表示在与未来组的交流中获得颇丰。期待未来组与郑州大学生物信息系在生产实习、培训交流和工程实践等方面达成更多互动与合作,为双方在生命科学领域中培养更多人才。