2018全国系统与进化植物学研讨会圆满落幕
会上,多名专家学者分享了在植物系统发育、植物进化及环境适应性等方面的研究成果。从这些研究进展报告中不难看出,基因组学、比较基因组及转录组等研究方法是揭示植物进化及系统发育机制的重要手段。
未来组生信研发部副总胡江为与会学者作了题为“Application of Long Read Sequencing Technology in Plant Genome”的精彩报告,介绍了三代测序的技术原理和技术优势,并展示了未来组在三代测序应用方面的研发进展与成果等,引发了与会学者的热烈讨论。
植物基因组比动物基因组复杂得多,其基因组普遍存在多倍性、高重复、高杂合等特点,是植物基因组测序组装的主要难点,而应用长读长测序技术可以较好地解决这些植物基因组组装难题。
本次会议是对已有的系统与进化植物学研究的一次总结与讨论,也是新征程的开始。组学君向一直奋斗在科研一线、默默奉献的科研工作者致敬!武汉未来组将会基于自身配备的长读长测序平台,依托自身的三代测序研发实力,继续在科学研究的道路上为各位合作伙伴提供助力。
未来组合作发表项目文章列表
官宣:AI上华为云
随着测序技术的飞速发展,测序成本的持续下降,基因组大数据时代已悄然到来。基因测序行业从原来的“测的没有算的快”,变为“算的没有测的快”。
你知道完成一个人类基因组的组装分析需要多少时间吗?
依靠现有测序技术,完成一个人的全基因组测序可能产生1.5T数据,运用传统IT计算能力针对这些数据进行组装注释分析,至少需6天时间。
华为云针对生物测序行业的特点,开创了独特的解决方案。
基因测序典型业务场景(图片来自华为云官方网站)
未来组目前配备Oxford Nanopore、PacBio Sequel、BGISEQ、BioNano光学图谱及Hi-C染色体构象捕获等技术和平台,月产出数据高达数十Tb,大规模的数据运算需求促成了未来组与华为云的紧密合作。
华为云协助未来组打通了线下数据生产平台与云端高性能计算平台之间的网络链路,使得线下产生的数据可以快速上传到云端,从而进行后续的分析。数据达到云端后,根据项目需求,在控制台申请足够规模的弹性云计算资源,快速完成项目。在这个模式下,目前已经可以实现在1天内完成一个人类全基因组的组装。
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会议链接:
http://gsc2018.jsgs.org.cn
欢迎莅临2018全国系统与进化植物学研讨会
本次会议主要讨论植物资源调查与分类学,植物系统发生与生物地理学,植物进化发育与基因组学和新技术、新方法展示,并借这次机会纪念已故中国植物学会系统与进化植物学专业委员钟扬。
会议旨在推动我国系统与进化植物学学科的发展,加强国内外同行在该领域的交流与合作,未来组也将在本次会议上和专家学者讨论与交流关于植物系统与进化研究的热点和新进展。
同时,未来组将展示最新的三代测序技术(Oxford Nanopore和PacBio Sequel)及其应用成果,为组学领域研究提供新思路。会议中未来组生信研发部副总胡江还将为大家带来“长读长测序技术在植物基因组中的应用”的报告,欢迎感兴趣的朋友们参加!
组学君邀您“协同创新,绿色发展”
武汉未来组在国内率先引进三代测序平台,已搭建基于PacBio、Nanopore、BioNano光学图谱和Hi-C染色体构象捕获技术的三代测序基因组中心,解决了复杂动植物基因组、微生物基因组、全长转录组、微生物群体研究以及人类基因组变异检测等领域的技术瓶颈,并与高等院校和科研院所合作完成了数百个三代测序科研项目,在基因组学领域积累了丰富的项目经验。
未来组荣登2018“光谷20强”
典礼于14:30开幕,东湖高新区管委会领导和德勤武汉办公室主管合伙人等相继致辞与颁奖,未来组首席运营官李元作为三家代表企业之一发表了获奖感言,介绍了未来组的成长历程,表示未来组的迅速成长离不开武汉市政府和东湖新技术开发区提供优渥的发展环境和政策生态,更展望了东湖高新区的美好未来。
作为武汉创新前沿阵地的光谷,生物产业在五大主导产业中营收增速最快,随着营商环境和生态体系的不断完善,我司将基于不断升级的研发投入,进一步加强和完善人才队伍结构,加快新产品和服务开发的脚步,进一步扩大营销市场,创建生物测序行业国际化的新高地。
基因科技造福人类|未来组诚邀您参加ICG-13
褪去炎夏炙热的南国微风煦日,婉约宜人。
10月的深圳更是一扫秋日落寞,生气勃勃,欢迎四方宾朋的到来。
2018年10月24-28日,深圳将召开第十三届国际基因组学大会(ICG-13),届时将汇聚世界各地的科坛学者共谈“基因科技造福人类”!
此次大会将展示基因组和多组学技术在探索生命核心奥秘,从多组学大数据到人工智能/智造等方向的研究体验和发展趋势,促进医学健康和农业、生态领域发展及产业化的最新成就,并且还将分享从基因组编辑到基因组编写、直至基因/细胞治疗和单细胞组学等正在改变世界的技术带来的反思和欣喜,更会盛请诺贝尔奖获得者和组学相关领域的先驱们发表演讲,超过200名专家学者获邀在大会发言,30个不同研究方向的分会场预计将有1000多位与会者共襄盛举。
未来组诚邀您莅临27号展位,我们将在会议上展示最新的三代测序技术(Oxford Nanopore和PacBio Sequel)及其应用成果。基因科技的每一小步都将汇聚千里,为造福人类尽自己的一份辛劳和奉献!
部分演讲嘉宾
会议日程
PacBio重磅!Sequel升级,“长读长”和“高准确度”兼得!
近日,PacBio公司公开发布Sequel System 6.0(V6.0 软件、配套测序试剂耗材也升级至V3.0版本),并霸气放话——Don’t compromise read length for accuracy when you can have both!在获得平均15Kb长读长的同时,还可以拥有媲美Sanger测序的准确度!
升级版性能
新版sequel 系统准确度、通量及读长均有所提升,尤其适用于全长扩增子、全长转录组及全基因组测序。
微生物宏基因组3.0
宏基因组(Metagenomics)是将环境中的真实微生物群落作为整体进行研究的新兴学科。与16S/18S/ITS群落结构分析相比,宏基因组分析不仅能够获得环境物种组成和丰度信息,还可以对微生物群体基因组成及功能、特定环境相关的代谢通路等进行全面分析,从而深入挖掘和研究具有应用价值的功能基因,探索微生物群落内部、微生物与环境间的相互关系。
传统的二代测序因为读长过短而无法真正解读菌群的复杂情况,例如与菌群生存活动相关的重要功能基因研究等,信息往往是碎片化的。基于PacBio SMRT测序的宏基因组3.0能够很好地解决这个问题,更加真实地反映菌群组成,功能基因的研究也变得更为简便。
Fig.1 二代宏基因组(A)与三代宏基因组(B)组装情况比较
为什么选择宏基因组3.0?
PacBio测序产生的高质量的CCS Reads,能覆盖到绝大多数微生物的功能基因以及功能基因特异性区域;
二代序列太短,必须经过拼接才能进行注释,而且测序具有严重的偏向性。三代测序的CCS序列足够长,可以直接进行注释,能够真实反应菌群以及功能基因情况;
对于样品中的高丰度菌株,可组装出完成图
选择宏基因组3.0,你可以得到
Fig.2 基于组内物种注释结果的GraPhlAn 物种树
Fig.3 (A) Contig Binning整合散点图; (B)基于Contig Binning结果优化的Meta Assembly基因组近完成图
未来组再破纪录!ONT细菌混测数据惊艳亮相
未来组11个细菌Nanopore混测数据惊艳亮相
三代测序平台一个cell动辄几十上百Gb的数据产出,可是细菌基因组那么小,不需要那么多数据,怎么办?
给多个细菌样本分别添加barcode序列,同时配合Nanopore长读长测序技术,可通过一次测序获得多个细菌的基因组序列,在保证质量、效率的同时大大降低测序成本!
Fig.1 Nanopore barcode 测序流程
那么多细菌数据搅和在一起,不会搞混吗?还是不用担心,经过未来组研发团队的不懈努力,基于Nanopore PromethION平台的细菌混测研发取得了骄人成绩——单个flowcell混测11个细菌,总产出数据量达97Gb,barcode 拆分效率将近90%!
与此前曾发表的细菌Nanopore混测研究只有65.5%的拆分率相比,我们的总产出及拆分率均大大提升!(友情链接:Nanopore混测1cell,一次性解决12个细菌完成图)
Fig.211个细菌混测拆分统计
Table 1 11个细菌Nanopore混测数据展示
平均每个细菌数据量均超过了5Gb,且Reads N50值甚至超越了24Kb,无论是测序深度还是读长都为后续的细菌基因组完成图打下了坚实的基础!
Fig.3 细菌基因组圈图示例
由外到内依次为编码基因(正义链)、编码基因(负义链)、tRNA(橙色)和rRNA(紫色)、CRISPR(蓝色)和基因岛(绿色)、GC比、GC-skew、测序深度。