背景介绍
HLA(human leukocyte antigen ,人类白细胞抗原) 编码人类主要组织相容性复合体(MHC)的基因簇,定位于第 6 号染色体短臂上。作为人类主要组织相容性复合体(MHC)的表达产物,该系统是所知人体最复杂的多态系统。自1958年发现(Jean Dausset)第一个HLA抗原,到20世纪70年代,HLA便成为免疫遗传学、免疫生物学和生物化学等学科的一个重要新兴研究领域。已基本弄清其系统的组成、结构和功能,阐明了其理化性质和生物学作用。这些研究成果不仅具有重要的理论意义,而且具有巨大的生物医学价值。
Pacbio 测序仪凭借长读长以及高精确CCS 模式能够测通HLA基因全长,从而提供更高通量更加精确的分型优势。借助Pacbio准确的HLA分型,取代之前Sanger一代测序用于HLA分型的方法。准确的HLA分型对于器官移植、自身免疫疾病、药物超敏性研究等非常重要。
自主知识产权
希望组作为三代测序领航者最早在2015年开始使用Pacbio平台进行HLA分型应用,积极部署相关知识产权。并和陆道培医院进行战略合作,发挥双方优势就应用第三代基因测序技术开展HLA基因分型检测项目签署合作协议。利用该技术准准确性高、精度高、通量高、成本低和自主知识产权等特点,预期该技术将有效降低骨髓库建库成本和速度,提高配型效率。
参考文献:
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1083879118317014?via%3Dihub
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0127153
https://www.pacb.com/applications/targeted-sequencing/hla/
案例解析
案例解析
英国研究人员通过回顾性研究发现,患者在接受造血干细胞移植之前,采用PacBio测序进行超高分辨率的HLA分型,能够实现更好的配型,同时显著提高患者的生存率。通过Pacbio 测序对891对供体和受体分析发现,之前被认为完全匹配(12/12)的显示有近三成匹配实际上并不完美,且有近四分之一的供体和受体存在以前未检测的变异。跟踪回访发现,患者的匹配结果若得到高分辨率的HLA分型确认,则五年总生存率达到54.8%,若只是通过标准技术确认,则五年总生存率只有30.1%。完全匹配的患者移植后12个月也不太可能死于相关并发症,且排斥反应的可能性也明显降低。