PacBio重磅!Sequel升级,“长读长”和“高准确度”兼得!

近日,PacBio公司公开发布Sequel System 6.0(V6.0 软件、配套测序试剂耗材也升级至V3.0版本),并霸气放话——Don’t compromise read length for accuracy when you can have both!在获得平均15Kb长读长的同时,还可以拥有媲美Sanger测序的准确度!

升级版性能

新版sequel 系统准确度、通量及读长均有所提升,尤其适用于全长扩增子、全长转录组及全基因组测序。

微生物宏基因组3.0

宏基因组(Metagenomics)是将环境中的真实微生物群落作为整体进行研究的新兴学科。与16S/18S/ITS群落结构分析相比,宏基因组分析不仅能够获得环境物种组成和丰度信息,还可以对微生物群体基因组成及功能、特定环境相关的代谢通路等进行全面分析,从而深入挖掘和研究具有应用价值的功能基因,探索微生物群落内部、微生物与环境间的相互关系。

传统的二代测序因为读长过短而无法真正解读菌群的复杂情况,例如与菌群生存活动相关的重要功能基因研究等,信息往往是碎片化的。基于PacBio SMRT测序的宏基因组3.0能够很好地解决这个问题,更加真实地反映菌群组成,功能基因的研究也变得更为简便。

Fig.1 二代宏基因组(A)与三代宏基因组(B)组装情况比较

为什么选择宏基因组3.0

读长长

PacBio测序产生的高质量的CCS Reads,能覆盖到绝大多数微生物的功能基因以及功能基因特异性区域;

直观反映群落组成和群落功能

二代序列太短,必须经过拼接才能进行注释,而且测序具有严重的偏向性。三代测序的CCS序列足够长,可以直接进行注释,能够真实反应菌群以及功能基因情况;

高丰度菌株基因组完成图

对于样品中的高丰度菌株,可组装出完成图

选择宏基因组3.0,你可以得到

Fig.2 基于组内物种注释结果的GraPhlAn 物种树

Fig.3 (A) Contig Binning整合散点图; (B)基于Contig Binning结果优化的Meta Assembly基因组近完成图

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